A cripta foi a primeira parte da Catedral da Sé a ser finalizada. Lá, há espaço para 30 pessoas serem sepultadas. A mesma se localiza exatamente abaixo do Altar-Mor da Catedral, ocupando exatamente o mesmo espaço. Somente são sepultados lá os bispos e arcebispos que se aposentaram ou faleceram enquanto serviam a Catedral de São Paulo. Além deles, também está lá sepultado o Cacique Tibiriçá e três padres, dentre eles o Regente Feijó.

A visitação da cripta da Catedral da Sé custa 7 reais. Ela ocorre todos os dias e é monitorada. Uma vez por semana, é celebrada uma missa na cripta, para quem quiser conhecer sem precisar pagar (e sem a monitoração também, né?)